A.在職中であっても障害年金が支給されることはありますし、障害認定基準に在職中は支給しない旨の記載は全くありません。

就労の事実が認定に影響するケースは精神の障害の場合などにあります。精神の障害は、障害の性質上、日常生活能力で障害の程度を測るしかありません。そのため「就労していること」をもって「日常生活可能」と認定することがしばしば見受けられています。その部分のことではないでしょうか。